Presente no crude, o enxofre é removido por hidro-dessulfuração durante o processo de refinação. Esse processo recorre ao hidrogénio. Desta forma, os biocombustíveis produzidos são mais respeitosos para com o ambiente.
O óxido de enxofre tem um efeito nefasto para o Homem e o Ambiente. Provoca nuvens de poluição nas cidades e chuvas ácidas que podem levar à desflorestação, à acidificação das águas e do solo e à degradação das fachadas. Este elemento poluente também pode causar problemas respiratórios nos seres humanos, em particular nas pessoas mais sensíveis e crianças. A fim de produzir combustíveis mais « limpos », o enxofre contido no petróleo em bruto é removido durante a fase de refinação, graças a um processo de hidro-tratamento. O enxofre de hidrogénio gerado passa por um processo de oxidação, em unidades de recuperação de enxofre, às vezes com recurso a oxigénio. O enxofre recuperado pode ser utilizado na indústria química (produção de adubos) ou para fabricar baterias ou borracha.
O hidrogénio reage com as moléculas de hidrocarbonetos, que por sua vez contêm os átomos de enxofre, e forma uma nova molécula: o enxofre de hidrogénio (H2S).
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